
Lapväärtin-Isojoen valuma-aluesuunnitelma koostuu neljästä dokumentista, jotka ovat:
1. Kalatalousalueen käyttö- ja hoitosuunnitelma
Kalatalousalueen käyttö- ja hoitosuunnitelma (KHS) on Suomen lain (Kalastuslaki 36 §) vaatima suunnitelma, jonka ehdotuksen tulee valmistua vuoden 2020 loppuun mennessä. Suunnitelman tavoitteena on parantaa ammattikalastajien ja vapaa-ajankalastuksen toimintaedellytyksiä, turvaamalla kalavarojen kestävä käyttö ja tuotto sekä biodiversiteetin säilyminen.
Suunnitelmaehdotuksen itselleen laatii kalatalousalue ja sen hyväksyy Elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskus. Suunnitelma voi olla hyväksymisensä jälkeen voimassa korkeintaan seuraavat kymmenen vuotta, mutta sen pitämistä ajan tasalla suositellaan. Suunnitelma on strateginen raami kalatalousalueen toiminnalle, jonka tarkemmat yksityiskohdat kuvataan toimintasuunnitelmissa.
2. Natura 2000 –alueen hoito- ja käyttösuunnitelma
Lapväärtinjoki on yksi Suomen viidestä joesta, joka kuuluu Natura 2000 –verkostoon. Se on merkittävin lähes vapaana virtaava Selkämereen laskeva jokivesistö, jolla on merkittäviä luonnonsuojelullisia, maisemallisia ja kalataloudellisia arvoja. Etelä-Pohjanmaan ELY-keskuksen ja Metsähallituksen luontopalveluiden yhdessä vuonna 2016 päivittämässä Natura 2000 –alueiden hoidon ja käytön yleissuunnitelmassa tunnistettiinkin kiireellinen tarve laatia Lapväärtinjokilaaksolle hoito- ja käyttösuunnitelma (HKS).
Suunnitelma laaditaan Freshabit-hankkeessa. Suunnitelmalla on tarkoitus sovittaa yhteen maankäyttöön ja hoitoon liittyvät paineet siten, että alueen suojeluarvoa ei vaaranneta. Suunnitelmassa tulee ottaa huomioon lisäksi myös vesipuitedirektiivin ja vesienhoidon näkökulmat.

3. Tulvariskien hallintasuunnitelma
Tulvariskien hallintasuunnitelmat (TRHS) on laadittu vesistösalueille, joilla on tunnistettu merkittävä tulvariski. Suunnitelmien laadinnasta määrätään vuonna 2010 voimaan tulleessa tulvariskilaissa. Ehdotus Lapväärtin-Isojoen vesistöalueen tulvariskien hallintasuunnitelma vuosiksi 2022–2027 on valmisteltu Etelä-Pohjanmaan ELY-keskuksen Ympäristö ja luonnonvarat –vastuualueella Lapväärtinjoen tulvaryhmän ohjauksessa. Suunnitelma on kuultavana ajalla 2.11.2020-14.5.2021. Maa- ja metsätalousministeriö hyväksyy hallintasuunnitelman vuoden 2021 lopussa. TRHS on valmisteltu
Suunnitelman tavoitteena on arvioida ja vähentää tulvariskejä. Lisäksi pyritään estämään ja vähentämään tulvista aiheutuvia taloudellisia vahinkoja. Suunnitelmassa on esitetty tavoitteet ja toimenpiteet, joilla näihin määrättyihin tavoitteisiin tulisi päästä. Suunnitelmassa tarkastellaan vain vesistötulvista aiheutuvien riskien hallintaa. Rankkasateista aiheutuvien hulevesitulvien hallinnan suunnittelu on kuntien vastuulla.
4. Vesienhoidon toimenpideohjelma
Vesienhoidon toimenpideohjelman (TPO) tavoitteena on estää pinta- ja pohjavesien tilan heikkeneminen sekä pyrkiä kaikkien vesien vähintään hyvään tilaan. Lisäksi erinomaisiksi tai hyviksi arvioitujen vesistöjen tilaa ei tule heikentää. Näiden tavoitteiden saavuttamiseksi laaditaan vesienhoidon toimenpideohjelmat. Toimenpideohjelmissa suunnitellaan ja toteutetaan vesien tilaa parantavia toimenpiteitä sekä seurataan vesien tilan kehittymistä. Vesienhoidossa tulee ottaa huomioon myös merenhoito, tulvariskien hallinta ja luonnonsuojelun tavoitteet.
Toimenpideohjelmat laaditaan kuudeksi vuodeksi kerrallaan. Isojoen ja Teuvanjoen ensimmäinen TPO laadittiin laajassa yhteistyössä vuosina 2008-2009. Nyt voimassa on Isonjoen-Teuvanjoen vesistöalueiden toimenpideohjelma 2016-2021, jota ollaan parhaillaan päivittämässä.
