Vesistöjen kunnostamisella tarkoitetaan toimia, joilla vähennetään vesistöön kohdistuvaa kuormitusta, palautetaan muuttuneita elinympäristöjä ja tuetaan vesistön luontaista toimintaa. Kunnostaminen voi kohdistua joen tai puron uomaan, ranta-alueisiin, kosteikkoihin, metsäalueisiin tai laajemmin koko valuma-alueelle.
Vesistön tila muodostuu suurelta osin sen valuma-alueella. Pelloilta, metsistä, soilta, ojista ja rakennetuilta alueilta kulkeutuu veden mukana ravinteita, kiintoainetta ja muuta kuormitusta jokiin ja puroihin. Ojitukset ja maankäytön muutokset voivat myös nopeuttaa veden kulkeutumista, voimistaa virtaamien vaihtelua ja lisätä eroosiota. Tämän vuoksi vesistön tilaa ei voida parantaa pelkästään jokiuomassa tehtävillä toimilla, vaan huomiota on kiinnitettävä myös veden pidättämiseen ja kuormituksen vähentämiseen valuma-alueella.
Kunnostustoimet voivat olla pienimuotoisia, kuten rantakasvillisuuden säilyttämistä, eroosion ehkäisemistä tai uoman elinympäristöjen monipuolistamista. Laajemmat toimet voivat sisältää esimerkiksi kosteikkojen ja vesiensuojelurakenteiden rakentamista, ojitettujen alueiden vesienhallinnan parantamista tai muutettujen jokiuomien kunnostamista. Ensisijaisesti kannatta säilyttää olemassa olevat luonnontilaiset alueet ja vesistön luontaiset rakenteet, kun se on mahdollista. Niiden säilyttäminen on yleensä helpompaa ja edullisempaa kuin heikentyneen ympäristön palauttaminen.
Sopiva toteutustapa riippuu kohteen ominaisuuksista, kunnostuksen tavoitteista ja mahdollisista vaikutuksista ympäröiville alueille. Ennen työn aloittamista on tärkeää selvittää maanomistajien suostumus sekä mahdollisten ilmoitusten, lupien ja asiantuntijasuunnittelun tarve. Hyvin suunniteltu yhteistyö maanomistajien, paikallisten toimijoiden, kuntien ja viranomaisten kanssa auttaa sovittamaan yhteen vesienhoidon tavoitteet ja alueen muun käytön.
